Integradas no conjunto de edifícios do Estado-Maior do Exército, em Santa Apolónia, as infraestruturas do AHM, num total de 700 m2, incluem uma sala de leitura com mesas de trabalho para 10 consulentes. O Arquivo possui também instalações na Estrada de Chelas (Antigo Convento), num total de 640 m2, bem como no depósito de documentação em Santa Clara (465 m2).

Ao todo, o AHM tem uma capacidade de 8800 mL (metros lineares) de estante, com ocupação superior a 90%.