O General José Nunes da Fonseca nasceu em Mafra, em 1961, e ingressou na Academia Militar em 1979.

Está habilitado com a licenciatura em Ciências Militares (Engenharia) e o mestrado em Engenharia Militar da Academia Militar, os cursos de Defesa NBQ e de Operações Irregulares, o Curso de Vias de Comunicação (Academia de Ingenieros, Espanha, 1990/91), o Curso de Estado-Maior e o Estágio de Estados-Maiores Conjuntos, o Curso de Operações de Apoio à Paz, o Curso de Sistema de Comando e Controlo SIACCON (Itália, 1997), o Curso de Planeamento Civil de Emergência e o NATO Senior Officers Policy Course (NATO School, 2012).

É membro da Ordem dos Engenheiros desde 1986.

Ao longo da sua carreira prestou serviço em diversas unidades e estabelecimentos do Exército e das Forças Armadas. Na Escola Prática de Engenharia (EPE) (1986-87), foi Instrutor e Adjunto de Comandante de Companhia; no Regimento de Engenharia nº1 (1987-92), foi Comandante de Companhia; na EPE (1992-93), foi instrutor, Diretor de Curso e Comandante de Companhia; no Estado-Maior do Exército (1994-95), foi Adjunto da Divisão de Logística; no Gabinete do Chefe do Estado-Maior do Exército (1999-02), foi Adjunto para os Assuntos Gerais e Adjunto do General Chefe do Estado-Maior do Exército; na EPE (2002-04), foi Diretor de Estudos e Instrução e 2.º Comandante; no Gabinete do Chefe do Estado-Maior do Exército (2004-05), foi Adjunto do General Chefe do Estado-Maior do Exército. Como Coronel, foi Comandante da EPE (2005-07), Chefe do Gabinete do General Comandante da Logística do Exército (2007-09) e frequentou o Curso de Promoção a Oficial General (2009/10).

No estrangeiro, serviu na EUROFOR (Florença/Itália, 1995-99), como Adjunto da Secção de Operações e Logística e Chefe da Secção de Procedimentos Operacionais da Repartição de Operações; e no NATO Allied Force Command (Madrid/Espanha, 2010-13), como Brigadeiro-General, no desempenho das funções de Diretor do Joint Logistics Support Group.

Cumpriu duas comissões em operações NATO: a primeira na SFOR (Força de Estabilização NATO), na Bósnia-Herzegovina, em 1998/99, como Oficial de Operações no Quartel-General da Divisão Multinacional Sudeste, e a segunda na KFOR (Força NATO no Kosovo), no 1.º semestre de 2011, como General Comandante da Força Logística (Joint Logistics Support Group) desta operação.

Colocado na Guarda Nacional Republicana, de janeiro de 2013 a outubro de 2018, exerceu as funções de Comandante da Unidade de Controlo Costeiro, de 2013 a 2017, de Inspetor da Guarda, de 2017 a 2018, e de 2.º Comandante-Geral, até à nomeação para o cargo de Chefe do Estado-Maior do Exército.

Da sua folha de serviços constam 23 louvores nacionais e 3 de entidades estrangeiras, sendo 1 de Ministro, 2 de General CEMGFA, 5 de General CEME e 15 de outros oficiais generais. Foi agraciado com a Ordem Militar de Avis nos graus de Grande Oficial (2014) e Oficial (2002); e condecorado com 5 medalhas de Serviços Distintos (Prata, 1999, 2001, 2005, 2007 e 2013), 1 medalha de Ouro de Serviços Distintos de Segurança Pública (2017), as medalhas de Mérito Militar (1.ª, 2.ª e 3.ª classes), a medalha D. Afonso Henriques (1.ª classe, 2013) e as medalhas de Comportamento Exemplar (Ouro e Prata). É também condecorado com as Medalhas Comemorativas de Comissões de Serviços Especiais “Itália 1995-96", “Itália 1996-99", “Bósnia 1998-99", “Kosovo 2011" e “Espanha 2010-2013"; e com condecorações estrangeiras, Cruz de Prata da Ordem de Mérito da Guardia Civil (Espanha,2016), Medalha Marechal Hermes (Brasil, 2004), EUROFOR (2003), OTAN/SFOR (2000), Comemorativa Francesa (Bósnia-Herzegovina, 1998-99), OTAN/Operação nos Balcãs (2011) e Cruz Comemorativa para a Missão Militar de Paz no Kosovo (Itália, 2011).

É casado e tem duas filhas.